O CAp-Coluni foi criado em 26 de março de 1965, pelo Conselho Universitário da Universidade Rural de Minas Gerais (UREMG), com a denominação de Colégio Universitário. Ele foi confirmado como Instituição de Ensino por meio do Decreto Estadual nº 848, de 14 de julho de 1965, recebendo sua primeira turma de alunos no ano seguinte.
O Colégio surgiu para atender a uma demanda específica da antiga UREMG, respeitando-se os aspectos normativos previstos nos termos da LDB, Lei Nº 4.024/61, sendo implementado como Colégio Universitário, no qual funcionava apenas a terceira série, com função preparatória para o vestibular. Além disso, as disciplinas eram ministradas por docentes da Universidade, que trabalhavam conteúdos específicos em sintonia com os cursos da graduação. Dessa forma, o CAp-Coluni construiu um perfil diferenciado que conduziu a sua tradição educacional.
Ao longo dos anos, o CAp-Coluni funcionou em diferentes espaços:
– 1966 – Edifício Arthur Bernardes, no Campus Universitário.
– 1967 a 1975 – Antiga sede do Colégio Agrotécnico, prédio de madeira cedido pelo Departamento de Engenharia Florestal.
– 1976 a 1978 – Voltou ao Edifício Arthur Bernardes, em função da demolição do prédio que o abrigava.
– 1979 a 1982 – Pavilhão de Aulas (PVA), no Campus Universitário.
– 1983 a 1988 – Colégio Nossa Senhora do Carmo (antiga Escola Normal), no centro de Viçosa – MG.
– 1989 – Inaugurou-se o prédio-sede do CAp-Coluni, no campus da UFV.
Até 1982, o Coluni mantinha apenas a terceira série do Ensino Médio, em regime integrado. Porém, no início da década de 1980 a Reitoria da UFV nomeou uma Comissão de professores do Departamento de Educação para apreciar a situação de funcionamento do Coluni. Também foi proposta a sua transformação em Colégio de Ensino Médio, no qual funcionassem as três séries, além da criação de uma grade curricular que atendesse às exigências da legislação.
Na primeira metade da década de 1990, motivados por um novo Relatório da Comissão nomeada pela Portaria nº 342/94, que analisou a filosofia do Colégio, iniciou-se a discussão que resultou no projeto de transformação do Coluni em Colégio de Aplicação.
Essa Comissão concluiu que o Coluni havia expandido com o interesse de levar os alunos a passarem no vestibular, tanto na UFV ou como em outras Instituições de ensino superior. Dessa forma, a comissão sugeriu que o Coluni se transformasse em Colégio de Aplicação, com o objetivo de maior integração com os departamentos da UFV. Este debate prolongou-se por toda a década de 1990 e somente em 2001 foi transformado em Colégio de Aplicação, na 367ª reunião do Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (CEPE), em 6 de março de 2001, e regulamentado pela Portaria nº 959 do Ministério da Educação (MEC), de 27 de setembro de 2013. A partir desta data, a sigla do nome do colégio recebeu o CAp, passando a ser denominado CAp-Coluni.